Rožmberský archivář a rodopisec, Václav Březan, v životopise předposledního Rožmberka, pana Viléma, zaznamenal roku 1564, že na panství Novohradském nad vsí Stropnicí směrem k rakouskému pomezí „voda zdravá se zjevila, kterouž mnoho lidí se zhojilo“ a že zde vznikla osada, nazvaná po tomto Rožmberkovi Vilémova hora, kterou dodnes známe pod jménem Hojná Voda (něm. Heilbrunn). O 130 let později na konci 17. století se objevil nedaleko Hojné Vody pod Kraví horou nový pramen a toto místo, stejně tak i nově vzniknuvší osada bylo pojmenováno Dobrá Voda (něm. Brünnl). Mezitím staroslavný rod Rožmberků vymřel Petrem Vokem v roce 1611 a po krátké držbě rožmberského panství rodem Švamberků se v nejjižnějším cípu Čech objevuje nová vrchnost, starofrancouzský rod Buquoyů.

Roku 1620 obdržel za věrné služby císaři Ferdinandovi II. panství novohradské, rožmberské a libějovické hrabě Karel Bonaventura Buquoy. Jeho potomci vybudovali poblíž nově objeveného pramene poutní chrám Nanebevzetí Panny Marie. Tento čin předcházela zjevení, které měli bratři Hans a Matěj z osady Šlagles u Stropnice. Ti spatřili o svátku Tří králů v roce 1698 zástup poutníků, jak putuje k Božím mukám, které stály v místech nového pramene. Když o tom vyprávěli, sklidili posměch. Druhé zjevení měl ve snu v roce 1701 jistý Matyáš Egidi, syn sedláka z Bedřichova u Stropnice, v němž dostal příkaz, aby postavil kapličku v místě kde nalezne vápenec. Když jej potom opravdu našel, postavil zde skutečně kapličku, k níž záhy začaly proudit zástupy poutníků na poutě a to i ze vzdálenějších míst, jako byl hornorakouský Freistadt či jihočeská Třeboň. Kaplička brzy nepostačovala návalu návštěvníků, a tak hrabě Albert Karel Buquoy použiv milodarů a obětních peněz poutníků (částka činila k roku 1704 634 zlatých), začal se stavbou velkého kostela.

Základní kámen ke stavbě byl slavnostně položen 13. května 1706 prelátem Janem Jakubem Bukovským z Českého Krumlova. Vlastní stavba chrámu, jehož projektant ani stavitel není znám, začala až od dva roky později, v roce 1708. První mše svatá zde byla sloužena 1. srpna 1709. K dokončení stavby chrámu a k jeho slavnostnímu vysvěcení krumlovským prelátem Sigismundem Heubnerem došlo 26. května 1715. Fara byla dostavěna v roce 1719 a od následujícího roku se zde už definitivně usídlil farář Ringler. Posledním administrátorem zde byl do padesátých let minulého století cisterciák P. Daniel Waschenpelz.

V interiéru nového kostela pokračovaly po jeho vysvěcení další práce. V roce 1718 byl pozlacen hlavní oltář, v roce 1727 pořízeny varhany, v roce 1729 došlo k malbě fresek. Současně s výstavbou kostela vzrůstala při léčivém prameni i obec, a tak již v roce 1717 je zmínka o městečku Dobrá Voda, kterému hrabě Karel Kajetán Buquoy udělil svobodu trhu a znak. Ten představoval na modrém štítu porostlý vrch, z něhož prýští pramen, nad ním je malý stříbrný štítek a v něm zlatý zvonek. V roce 1718 si dal hrabě vedle kostela, na jeho západní straně, postavit rezidenci jako letní zámeček, který pak Buquoyové v roce 1818 dali obci k užívání a v roce 1852 věnovali do trvalého držení ( byl stržen v roce 1963). V roce 1786 byl nedaleko kostela založen hřbitov, předtím se pohřbívalo na hřbitově na Hojné Vodě. V roce 1888 dala celý poutní kostel nákladně restaurovat hraběnka Filipina Buquoyová. Slavnostní vysvěcení opraveného kostela provedl 14. října 1888 českobudějovický biskup Martin Josef Říha a pontifikální mši celebroval vyšebrodský opat Leopold Wackarž. V té době měla Dobrá Voda 101 domů se 470 obyvateli, kostel, faru, školu, lázně a poštu.

Přešlo hodně času, mnoho se změnilo, žel, ne vždy k lepšímu. Ztratil se starý vzhled Dobré Vody, která se po 2. sv. válce vylidnila. Nejvíce poznamenal obec obrovský požár, vzniklý lidskou neopatrností. Stalo se tak 8. dubna 1949, kdy v těsném sousedství kostela, na jeho východní straně, v hostinci zvaném Panský dům, vypukl oheň, kterému padlo za oběť dvanáct domů. Naštěstí silný vítr foukal od západu, takže kostel zůstal jako zázrakem zachráněn. V průběhu komunistického režimu došlo k celkovému zchátrání poutního místa. Buquoyská rezidence byla v roce 1963 stržena, poutní dům zvaný Panský vyhořel a byl stržen. Díky internovaným řeholním sestrám z Congregatio Jesu stejný osud nepotkal barokní faru a alespoň nejnutnější údržbou se podařilo zachovat též poutní kostel. V letech 1987 až 1992 byla na poutním chrámu provedena důkladná renovace vnějšího pláště, takže zadumaná krása nádherné poutní svatyně pod záštitou své ochránkyně, jíž byla zasvěcena, je i po staletích stále viditelná až z třeboňské kotliny a dalších koutů jihočeské země.

Poutní chrám Nanebevzetí Panny Marie je zapsanou kulturní památkou. Do odsunu německého obyvatelstva v roce 1945 patřilo toto poutní místo mezi nejvýznamnější mariánská poutní místa v naší zemi, které spojovalo poutníky z Čech, Moravy, Rakouska, Německa, ale též i Slovenska, Maďarska či Slovinska. Co se týče počtu udělených svatých přijímání, tak v roce 1913 sdílelo toto poutní místo 10. pozici s poutním místem ve Staré Boleslavi a v německy mluvícím pohraničním pásu jižních a západních Čech bylo zdaleka nejvýznamnější. Důležitost tohoto místa lze též odvozovat od přízviska „Jihočeské Lurdy“, které poutnímu místu na Dobré Vodě udělil známý spisovatel Zikmund Winter.