Severní část Moravského krasu je odvodňována říčkou Punkvou a jejími zdrojnicemi. Nachází se zde jeskynní systém Amatérské jeskyně, který s navazujícími jeskyněmi měří téměř 35 km, což jej řadí k nejrozsáhlejším jeskyním systémům ve střední Evropě. Ve střední části Moravského krasu je hlavním jeskynním systémem 12 km dlouhé Rudické propadání. Zde mizí pod zem vody Jedovnického potoka a zpět na zemský povrch vyvěrají až u Býčí skály v Josefově.
Na území Moravského krasu je dnes evidováno přes 1 100 jeskyní. V řadě z nich jsou zachovány doklady dávno vyhynulého života i vývoje lidské společnosti. V jeskyni Kůlna je doloženo nejstarší osídlení Moravského krasu člověkem neandertálským z doby před 120 000 lety. Pozoruhodné jsou rovněž nálezy rytin koní a bizonů na koňských žebrech z jeskyně Pekárny.
Pro veřejnost jsou zpřístupněny Punkevní jeskyně s možností plavby na podzemní říčce Punkvě spojené s prohlídkou dna propasti Macocha, Kateřinská jeskyně, která je známá unikátními hůlkovými stalagmity, jeskyně Balcarka s bohatou a barevnou krápníkovou výzdobou, Sloupsko-šošůvské jeskyně, tvořené mohutnými chodbami a podzemními propastmi a jeskyně Výpustek, která však v minulosti sloužila k vojenským účelům.
Několik jeskyní je také volně přístupných veřejnosti. K nejznámějším patří jeskyně Býčí skála na spodním konci Křtinského údolí, která proslula nálezem halštatského pohřbu. Asi půl kilometru od Býčí skály směrem ke Křtinám prochází modrá značka jeskyní Kostelík. Jedná se o tunelovitou jeskyni vytvořenou kdysi vodami Křtinského potoka, která je zbytkem rozsáhlejšího systému souvisejícího s Býčí skálou.
Na protějším břehu Křtinského potoka, na začátku Josefovského údolí, se nachází jeskyně Jáchymkapojmenovaná podle místního poustevníka Joachyma, který zde žil v devatenáctém století. Ve 13 století sloužila jako útočiště obyvatel při vpádu Tatarů na naše území. Počátkem 20. století zde byly objeveny pozůstatky pravěkých zvířat a mezi nimi dvě kompletní kostry zvířete podobného vlku.