Jeskyně však nabízejí i Historickou prohlídku. Průvodci v dobových kostýmech provádějí celoročněšošůvskou částí jeskyně. Návštěvníci jsou při této odlehčené prohlídce humornou formou seznámeni s historií objevování jeskyní. Historický okruh prochází celou šošůvskou část a rovněž končí v jeskyni Kůlně. Pro tělesně postižené návštěvníky byla velká část jeskyní upravena jako bezbariérová.
Zážitková trasa s názvem Po stopách Nagela o délce 1300 metrů vede spodním patrem Sloupsko-šošůvské jeskyně. Zde se chodí se stupňovitou propastí do spodních pater jeskyně. Trasa navazuje na zpřístupněné části Sloupsko-šošůvských jeskyní. Sestup je ústím Stupňovité propasti se sestupem po upravené trase a schodech k části bývalého Absolonova Masošského žebře. Dále vede řečištěm Sloupského potoka na dno Nagelovy propasti. Přechodem přes Nagelovo jezírko nahlédnete do přítokových sifonů. Při návratu odbočíte ještě k Wankelovu jezírku a vystoupíte opět Stupňovitou propastí. Na trase vás čeká sestup po 12 m dlouhém žebři, v některých místech je postup možný jen "po čtyřech" nebo plazením. Na trasu doporučujeme pevnou obuv, ochranné rukavice, šátek pod přilbu, vhodné oblečení a plastový pytel na ušpiněné věci - při prohlídce musíte počítat s tím, že se ušpiníte od bláta. Na zážitkovou prohlídku po stopách Nagela je nutná předchozí rezervace.
V zimním období jsou jeskyně otevřeny. Pro vstup do jeskyně v měsících prosinec, leden a únor je vhodná rezervace. Vstupy probíhají v časech 10:00, 12:00 anebo na 13:00. Sloupská část jeskyně je pro veřejnost uzavřená z důvodu ochrany zimujících netopýrů. Prohlídka v šošůvské části probíhá světle baterek (tu si vezmete buď z domova, anebo dostanete čelovku k zapůjčení u pokladny). Jeskyni si můžete prohlédnout dvěma způsoby:
- 1. prohlídkou s klasickým výkladem
- 2. prohlídkou historickou s odlehčenou formou
Jeskyně jsou významným nalezištěm koster jeskynních medvědů, lvů, hyen a dalších živočichů a dělí se na dvě části. Sloupská část je v zimním období uzavřena kvůli zimujícím netopýrům. Prostora nazývaná Eliščina jeskyně má velmi bohatou krápníkovou výzdobu a také vynikající akustiku, proto je příležitostně využívána pro koncerty komorní hudby nebo ke konání svateb. Při rekonstrukci v roce 1997 byla přemostěna Stupňovitá propast a návštěvníkům se tak otevřel nový netradiční pohled. Propast Nagelova, hluboká 80 metrů, je nejmohutnější podzemní propastí svého druhu v České republice. Pro návštěvníky je zpřístupněna obdobně jako propast Macocha dvěma vyhlídkovými můstky.
Šošůvská část, objevená roku 1889, je charakteristická křehkou a barevnou krápníkovou výzdobou. Součástí prohlídkové trasy je také světoznámá archeologická lokalita - jeskyně Kůlna - kde byly nalezeny části lebky neandertálského člověka asi 45 000 let staré. Archeologický výzkum doložil osídlení a využívání jeskyně od předposlední doby ledové před 120 000 lety až do současnosti.